목차

1장. 개발 환경 구성

1.1 Visual Studio Code 설치

Visual Studio Code(VS Code)는 Microsoft에서 개발한 무료 코드 편집기로, 다양한 프로그래밍 언어를 지원하며 확장 프로그램을 통해 기능을 추가할 수 있다. 이 책에서는 VS Code를 기본 개발 환경으로 사용한다.

설치 방법

  1. https://code.visualstudio.com 에 접속한다
  2. 운영체제에 맞는 설치 파일을 다운로드한다 (Windows, macOS, Linux)
  3. 다운로드한 파일을 실행하여 설치를 완료한다

VS Code 공식 웹사이트에서 다운로드 버튼이 보이는 메인 페이지 스크린샷

설치 확인

설치가 완료되면 VS Code를 실행하여 정상적으로 동작하는지 확인한다.

VS Code를 처음 실행했을 때의 Welcome 탭 화면 스크린샷

유용한 확장 프로그램

VS Code의 강력한 장점 중 하나는 확장 프로그램(Extension)이다. 왼쪽 사이드바의 확장 프로그램 아이콘을 클릭하거나 Cmd+Shift+X (Mac) / Ctrl+Shift+X (Windows/Linux)를 눌러 확장 프로그램 마켓플레이스를 열 수 있다. 앞으로 필요한 확장 프로그램은 이곳에서 검색하여 설치하면 된다.

VS Code 확장 프로그램 마켓플레이스 화면 스크린샷

1.2 WSL (Windows Subsystem for Linux)

Windows 사용자의 경우, 웹 개발 및 생명정보학 도구 대부분이 리눅스 환경을 기반으로 하므로 WSL(Windows Subsystem for Linux)을 설치하여 리눅스 환경에서 개발을 진행하는 것을 권장한다. macOS나 Linux 사용자는 이 절을 건너뛰어도 된다.

WSL이란?

WSL은 Windows 위에서 리눅스 배포판을 직접 실행할 수 있게 해주는 기능이다. 별도의 가상 머신 없이도 리눅스 터미널과 명령어를 사용할 수 있으며, Windows의 파일 시스템과도 자연스럽게 연동된다.

WSL 설치

PowerShell을 관리자 권한으로 실행한 뒤 다음 명령을 입력한다:

wsl --install

이 명령 하나로 WSL 기능 활성화와 Ubuntu 배포판 설치가 자동으로 진행된다. 설치가 완료되면 컴퓨터를 재부팅한다.

PowerShell 관리자 권한으로 wsl --install 실행하는 화면 스크린샷

재부팅 후 자동으로 Ubuntu 터미널이 열리며, 리눅스 사용자 이름과 비밀번호를 설정하라는 메시지가 나타난다.

WSL Ubuntu 초기 설정 — 사용자 이름과 비밀번호 입력 화면 스크린샷

VS Code에서 WSL 연동

VS Code에서 WSL 환경을 사용하려면 WSL 확장 프로그램을 설치한다.

  1. VS Code 확장 프로그램 마켓플레이스에서 “WSL”을 검색하여 설치
  2. VS Code 좌측 하단의 파란색 >< 아이콘을 클릭
  3. “Connect to WSL”을 선택

VS Code에서 WSL 확장 프로그램 설치 및 WSL 연결 화면 스크린샷

연결이 완료되면 VS Code 좌측 하단에 “WSL: Ubuntu”라고 표시되며, 터미널을 열면 리눅스 셸이 실행된다. 이후 이 책의 모든 터미널 명령은 WSL 환경에서 실행하면 된다.

VS Code가 WSL에 연결된 상태 — 좌측 하단에

1.3 Python 환경 설정: uv와 micromamba

WSL 환경이 준비되었으면, 생명정보학 작업에 필요한 Python 패키지 관리 도구를 설치한다. 이 책에서는 uv(Python 패키지 매니저)와 micromamba(Conda 호환 환경 매니저)를 사용한다.

uv 설치

uv는 Rust로 작성된 초고속 Python 패키지 매니저이다. 기존의 pip보다 10~100배 빠르며, 가상 환경 생성과 패키지 설치를 한 번에 처리할 수 있다.

curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh

설치 후 터미널을 재시작하거나 다음 명령으로 환경을 갱신한다:

source ~/.bashrc

기본 사용법:

# 가상 환경 생성 + 패키지 설치를 한 번에
uv venv
uv pip install pandas numpy matplotlib

# 또는 requirements.txt로부터 설치
uv pip install -r requirements.txt

# Python 스크립트 바로 실행 (자동으로 의존성 설치)
uv run script.py

micromamba 설치

micromamba는 Conda의 경량화 버전으로, Conda와 동일한 패키지 저장소(conda-forge, bioconda)를 사용하지만 훨씬 빠르고 가볍다. 생명정보학 도구 중 상당수가 Conda/Bioconda 채널을 통해 배포되므로 micromamba가 필요하다.

"${SHELL}" <(curl -L micro.mamba.pm/install.sh)

설치 과정에서 나오는 질문에는 기본값(Enter)으로 응답하면 된다. 설치 완료 후 터미널을 재시작한다.

micromamba를 conda로 사용하기

생명정보학의 많은 문서와 튜토리얼은 conda 명령을 기준으로 작성되어 있다. AI 에이전트도 conda 명령을 생성하는 경우가 많다. alias를 설정하면 conda 명령을 입력해도 micromamba가 실행되도록 할 수 있다.

다음 명령을 실행하면 ~/.bashrc에 alias가 추가된다:

echo 'alias conda="micromamba"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

이제 conda와 micromamba를 동일하게 사용할 수 있다:

# 아래 두 명령은 동일하게 동작한다
conda create -n bioinfo python=3.11
micromamba create -n bioinfo python=3.11

# 환경 활성화
conda activate bioinfo
# 또는
micromamba activate bioinfo

# Bioconda 채널에서 도구 설치
conda install -c bioconda -c conda-forge samtools

uv vs micromamba: 언제 무엇을 쓸까?

uv micromamba (conda)
용도 Python 패키지 설치 Python + 비Python 도구 설치
속도 매우 빠름 빠름 (conda보다 훨씬 빠름)
사용 상황 pandas, matplotlib 등 순수 Python 패키지 samtools, STAR, snakemake 등 바이너리 도구
채널 PyPI conda-forge, bioconda

팁: 일반적인 Python 패키지는 uv로 설치하고, 생명정보학 전용 도구(samtools, STAR, bedtools 등)는 micromamba로 설치하는 것이 좋다.

1.4 VS Code에서 Claude Code 사용하기

Claude Code는 VS Code에 직접 통합되는 AI 코딩 도구이다. Github Copilot과 마찬가지로 VS Code 확장 프로그램으로 설치하여 사용할 수 있으며, 코드 작성, 디버깅, 리팩토링 등 다양한 작업을 AI의 도움을 받아 수행할 수 있다.

필수 조건

  • VS Code 1.98.0 이상
  • Anthropic 계정 (확장 프로그램을 처음 열 때 로그인)

설치 방법

VS Code에서 Cmd+Shift+X (Mac) 또는 Ctrl+Shift+X (Windows/Linux)를 눌러 확장 프로그램 보기를 열고, “Claude Code”를 검색한 후 설치를 클릭한다.

VS Code 확장 프로그램 마켓플레이스에서 Claude Code를 검색하여 설치하는 화면 스크린샷

시작하기

1단계: Claude Code 패널 열기

편집기 오른쪽 위 모서리의 Spark 아이콘을 클릭하여 Claude Code 패널을 연다. 또는 다음 방법으로 열 수 있다:

  • 명령 팔레트: Cmd+Shift+P (Mac) 또는 Ctrl+Shift+P (Windows/Linux)를 누르고 “Claude Code”를 입력
  • 상태 표시줄: 창 오른쪽 아래의 Claude Code를 클릭

VS Code 편집기에서 Spark 아이콘 위치와 Claude Code 패널이 열린 모습 스크린샷

2단계: 프롬프트 보내기

Claude에게 코드에 대해 질문하거나, 디버깅을 요청하거나, 변경 사항 작성을 요청한다. 편집기에서 텍스트를 선택하면 Claude가 해당 코드를 자동으로 인식한다.

  • @ 뒤에 파일명을 입력하면 특정 파일을 참조할 수 있다 (예: @auth.js)
  • Option+K (Mac) / Alt+K (Windows/Linux)로 현재 파일과 선택 영역의 참조를 삽입할 수 있다

Claude Code 패널에 프롬프트를 입력하고 @-멘션으로 파일을 참조하는 모습 스크린샷

3단계: 변경 사항 검토

Claude가 파일을 편집하려고 하면, 원본과 제안된 변경 사항을 나란히 비교하는 diff 화면이 나타난다. 수락하거나 거부하거나, Claude에게 다른 방법으로 수정하도록 요청할 수 있다.

Claude가 제안한 코드 변경 사항의 diff 화면과 수락/거부 버튼이 있는 스크린샷

주요 기능

권한 모드

프롬프트 상자 하단의 모드 표시기를 클릭하여 전환한다:

모드 설명
일반 모드 각 작업 전에 권한을 요청
Plan Mode 수행할 작업을 설명하고 승인을 기다림
자동 수락 모드 요청하지 않고 바로 편집

파일 및 폴더 참조

@-멘션을 사용하여 특정 파일이나 폴더에 대한 컨텍스트를 Claude에게 제공한다:

> @auth.js 이 파일의 로직을 설명해줘
> @src/components/ 이 폴더의 구조를 분석해줘

여러 대화 실행

명령 팔레트에서 새 탭에서 열기 또는 새 창에서 열기를 사용하여 여러 대화를 동시에 실행할 수 있다. 각 대화는 독립적인 기록과 컨텍스트를 유지한다.

Git 통합

Claude Code는 Git과 통합되어 VS Code에서 직접 버전 관리 작업을 수행할 수 있다:

> 변경 사항을 설명하는 커밋 메시지로 커밋해줘
> 이 기능에 대한 PR을 만들어줘

주요 단축키

명령 단축키 (Mac / Windows·Linux) 설명
포커스 전환 Cmd+Esc / Ctrl+Esc 편집기와 Claude 사이 전환
새 탭에서 열기 Cmd+Shift+Esc / Ctrl+Shift+Esc 새 대화를 탭으로 열기
새 대화 Cmd+N / Ctrl+N 새 대화 시작 (Claude 포커스 시)
@-멘션 삽입 Option+K / Alt+K 현재 파일 및 선택 영역 참조 삽입

1.5 정리

  • VS Code 설치 및 기본 사용법 숙지
    • 확장 프로그램 마켓플레이스 활용법 익히기
  • Windows 사용자는 WSL 설치
    • VS Code에서 WSL 연동하여 리눅스 환경에서 개발
  • uv와 micromamba로 Python 환경 구성
    • uv: 빠른 Python 패키지 설치
    • micromamba: Conda 호환 환경 매니저 (bioconda 채널 활용)
    • alias conda="micromamba"로 편의성 확보
  • Claude Code 활용하기
    • VS Code에 Claude Code 확장 프로그램을 설치하고 코딩에 활용해보기
    • @-멘션, 권한 모드 등 주요 기능 익히기

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